Stellenausschreibung (Bio 02/2026)
Das Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde (IOW) ist ein unabhängiges Forschungsinstitut der Leibniz-Gemeinschaft. Unser Forschungsschwerpunkt sind die Küsten- und Randmeere, insbesondere die Ostsee. Die Mitarbeitenden der fünf Abteilungen Physikalische Ozeanographie, Meereschemie, Biologische Meereskunde und Marine Geowissenschaften sowie der Abteilung Meeresbeobachtung arbeiten interdisziplinär im Rahmen eines gemeinsamen Forschungsprogramms. Chancengleichheit, Familienfreundlichkeit und Work-Life-Balance haben für uns einen hohen Stellenwert.
Das Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde (IOW) bietet ab frühestmöglichem Eintrittstermin (vorzugsweise ab März 2027) eine befristete Stelle als
Datenwissenschaftler:in (Postdoc)
in der Abteilung Biologische Ozeanographie für 2 Jahre in 80 % (32 Std./Woche). Die Vergütung erfolgt nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L) in der Entgeltgruppe E13. Eine individuelle Stufenzuordnung wird geprüft.
Was sind Ihre Aufgaben?
Die ausgeschriebene Stelle ist Teil des Projekts: MuCoME - Multi-level Corpus for Microbial Ecology (https://www.iow.de/project/400/mucome.html). Dieses Projekt setzt sich mit der begrenzten Wiederverwendbarkeit öffentlicher Metabarcoding-Daten auseinander, indem es Methoden zur Kuratierung und Harmonisierung von Metadaten verbessert, Pipelines zur Datenbereinigung und -aggregation entwickelt, und den langfristigen öffentlichen Zugang über bestehende Dateninfrastrukturen gewährleistet. Der resultierende Datenkorpus besteht aus einem manuell annotierten Goldstandard für das Training von Natural Language Processing (NLP)-Modellen, angereicherten Metadaten für Datensätzen im European Nucleotide Archive (ENA), sowie vollständig aufbereiteten Daten zur mikrobiellen Gemeinschaftsforschung, die in die MiCoDa-Datenbank (https://micoda.idiv.de) integriert werden.
Die Stelle liegt somit an der Schnittstelle von Forschungsdatenmanagement, Bioinformatik und NLP. Zu Ihren Aufgaben gehören:
1. Abrufen und Verknüpfen öffentlicher Metabarcoding-Sequenzdatensätze mit wissenschaftlichen Artikeln über APIs.
2. Mitwirkung beim Aufbau eines Wissensgraphen und eines annotierten Goldstandards zur Extraktion strukturierter Metadaten aus unstrukturierten Texten.
3. Entwicklung bioinformatischer Workflows zur Automatisierung der Metadaten-Beschaffung und -Kuratierung.
4. Veröffentlichung der kuratierten Metadaten über das ENA Clearing House.
Zudem wird von Ihnen erwartet, wissenschaftliche Publikationen zu verfassen und an Veröffentlichungen mitzuwirken. Im Rahmen des MuCoME-Projekts erwerben Sie interdisziplinäres Know-how mit guten Karriereaussichten in verschiedenen Bereichen der Datenwissenschaften. Vernetzungsmöglichkeiten umfassen die NFDI-Konsortien 4Biodiversity und 4Microbiota sowie die Teilnahme an internationalen Konferenzen.
Was erwarten wir von Ihnen?
- Promotion in Biologie, Bioinformatik, Data Science oder einem verwandten Fach sowie fundierte Erfahrung in Bioinformatik und Sequenzdatenanalyse. Bei unmittelbar bevorstehendem Promotionsabschluss muss spätestens zum Zeitpunkt der Einstellung ein schriftlicher Nachweis über die bereits erfolgte Einreichung der Dissertation, sowie eine schriftliche Bestätigung der betreuenden Person über den zu erwartenden erfolgreichen Abschluss vorgelegt werden
- Sehr gute Kenntnisse in Programmiersprachen (Python, R, Bash)
- Ausgeprägte Schreibkompetenz im Verfassen wissenschaftlicher Artikel
- Sehr gute Kommunikationsfähigkeiten in Englisch
- Hohe Selbstständigkeit, ausgeprägte Organisationsfähigkeit sowie eine kooperative, teamorientierte Arbeitsweise
- Hohe Motivation für interdisziplinäre Forschung an der Schnittstelle von Bioinformatik, Datenmanagement und NLP sowie Engagement für offene und reproduzierbare Wissenschaftspraktiken
- Erfahrung mit der Archivierung von Sequenzdaten, Metadaten-Standards (z. B. MIxS) und Datenharmonisierung
- Praktis