Post-Doctorant F/H Détection de requêtes ADN préoccupantes dans les moteurs de recherche génomiques

**Type de contrat :** CDD **Niveau de diplôme exigé :** Thèse ou équivalent **Fonction :** Post-Doctorant **Niveau d'expérience souhaité :** De 5 à 12 ans **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle** ------------------------------------------------------- Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique **Contexte et atouts du poste** ------------------------------- Les moteurs de recherche génomiques permettent d’interroger de vastes banques de données de séquences ADN. Cette capacité, essentielle à la recherche biomédicale, constitue également un vecteur potentiel d’accès à des séquences biologiques dangereuses (agents pathogènes, toxines, etc.). L'objectif de ce post-doctorat est de développer des méthodes de détection automatique de requêtes préoccupantes adressées à ces moteurs, dans une perspective de biosécurité. Le projet s’appuiera en outre sur l'environnement suivantes : * **Institut Pasteur (Jean-Baptiste Masson, équipe-projet commune Épiméthée)** **:** les Centres Nationaux de Référence (dont le CNR des virus émergents) et le CIBU (Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence) comme expertise terrain et utilisateurs finaux naturels d’un outil de détection ; la CRBIP (Collection de l’Institut Pasteur : >15 000 souches bactériennes, catalogue EVAg) comme matériau de référence pour construire des jeux d’entraînement annotés ; la plateforme Biomics (C2RT) pour la production et la validation de données. * **Écosystème Inria / moteur cible :** l’équipe-projet GenScale (Pierre Peterlongo, algorithmes k-mer à grande échelle, GATB) ; le moteur Logan-Search, co-piloté par Rayan Chikhi : l’instrumentation de ce moteur est le cas d’application prioritaire. * **Infrastructures :** ENA (EMBL-EBI, l’archive que les moteurs indexent), IFB/ELIXIR France (hébergement de services, cloud) **Mission confiée** ------------------- **Objectifs** La personne recrutée aura pour objectifs : * de constituer un référentiel de séquences préoccupantes * de proposer un ou des outils de détection de requêtes suspectes Ces objectifs devront intégrer les contraintes biologiques. **Mission confiée** En lien avec Jean-Baptiste Masson (Institut Pasteur Paris et Inria), la personne recrutée aura en charge de fédérer les acteurs des banques de données afin de mettre en place un corpus dynamique de séquences préoccupantes. Elle aura pour mission de proposer des méthodes et de les implémenter afin de contribuer à des sujets de biosécurité. **Références principales** * Select Agents and Toxins, 42 CFR § 73: https://www.ecfr.g